Жители города Сити-17 встревожены странным гулом, доносящимся из леса за городом. По неопределенным данным там Комбайны построили завод по производству Агнида - нового материала, способного прослужить намного дольше, чем обычное железо. Производство нового материала расширяется, открываются все новые и новые цехи по производству и обработке химических элементов, составляющих этого железа. Но токсичные отходы, количество которых тоже увеличивается, выбрасываются прямо в воздух. В Сити-17 начинается эпидемия, гибнут люди. В лабораторию доктора Кляйнера поступает тревожное сообщение о новых разработках комбайнов, которые негативно сказываются на атмосфере города. Взломав производственную систему комбайнов, Кляйнер узнает шокирующие подробности: на самом деле никакого Агнида нет, а есть порошковый гидрофобный материал - токсичный отход, образующийся в результате смешения отходов с реагентом. Когда информация просачивается в местную прессу, проект "закрывают", и территория завода жестко патрулируется Альянсом. На какое-то время комбайны прекращают свои разработки, но вскоре опять далеко за городом в лесу завод оживает. Чтобы узнать, что же на самом деле случилось, и остановить все, если понадобится, туда отправляется Гордон Фриман. Но на пути он попадает в засаду. Сумев скрыть свою внешность, Гордон легко отделывается. Комбайнам не нужна утечка информации, и они его на время запирают в одном из производственных цехов, в котором произошла авария, и он больше не представлял особой ценности. Гордону предстоит узнать, что же на самом деле случилось, и поставить точку на этом проекте.

Особенности мода: В игре присутствуют две карты мода "Темный завод" и "Бункер "Лямбда-2". Огромная территория завода, каналы для отвода токсичных материалов, жуткая атмосфера подземных помещений, разнообразные задания, в результате которых мод не получится строго прямой, как Doom. Ну и конечно же, замечательная концовка!